Зоологический музей МГУ основан в 1791 году как «кабинет натуральной истории» при Императорском Московском университете. Ещё в 1759 году при московском университете был образован естественнонаучный музей, называвшийся тогда Минералогическим кабинетом. После того как среди его экспонатов появились биологические, в 1759 году из них был создан «кабинет натуральной истории». C 1866 года музей стал общедоступным. Здание на Большой Никитской улице было специально построено для музея по проекту К. М. Быковского (в 1892—1902 годах). В 1930-е годы музей был введён в состав Биологического факультета МГУ.